Argea è sottoposta periodicamente a controlli di organismi esterni:
L’Organismo di Certificazione certifica annualmente i conti alla Commissione europea prima della loro liquidazione. Opera su incarico annuale del Ministero delle Politiche Agricole
Il Ministero dell’agricoltura della sovranità alimentare e delle foreste – Masaf – verifica il riconoscimento di organismo pagatore e definisce eventuali Piani di Intervento Correttivi PIC da attuare entro determinate scadenze
La Corte dei Conti nazionale effettua controlli a norma delle disposizioni legislative, regolamentari e amministrative nazionali
La Commissione europea e la Corte dei Conti europea pianificano ed effettuano verifiche sulla corretta applicazione delle norme comunitarie nelle procedure di erogazione degli aiuti nei vari settori di competenza dell’organismo pagatore